En el futuro, la faz de la tierra ha cambiado y el interés por los tesoros del mar ha aumentado, para ello el capitán Nathan Bridger ha creado el Sea Quest, el mejor submarino de todos los tiempos, tripulado tanto por militares como por científicos ayudados por el delfín Darwing. Todos juntos surcarán las profundidades del océano para conocer mejor nuestro planeta, aunque para ello deberán enfrentarse a incontables peligros asi como la amenaza de la alianza de Macronesia.